Hvad er en Protein Data Bank (PDB) fil? Hvordan åbner og ses det i Windows 11?

En proteindatabank-fil (PDB) er et filformat, der bruges til at gemme tredimensionelle biologiske data. PDB-filer bruges almindeligvis til at gemme data om proteiner, nukleinsyrer og andre biomolekyler. PDB-filer kan ses på en række forskellige måder, herunder gennem software som PyMOL og VMD. I Windows 11 kan du åbne en PDB-fil ved at gå til File Explorer, klikke på fanen Vis og derefter vælge muligheden for at vise skjulte filer og mapper. Når du har gjort dette, bør du være i stand til at finde den PDB-fil, du ønsker at se. PDB-filer er et vigtigt værktøj for forskere, der arbejder med biomolekyler, da de giver mulighed for visualisering og analyse af data i tre dimensioner. At forstå, hvordan man åbner og ser PDB-filer er således en vigtig færdighed for alle, der arbejder inden for bioinformatik eller beregningsbiologi.

Protein Data Bank (PDB) filer er tredimensionelle molekylære filer, der lagrer molekylære strukturer. Hvis du nu undrer dig over, hvordan du åbner sådanne filer på pc, vil dette indlæg interessere dig. Her vil vi diskutere PDB-filer i detaljer, og hvordan man får vist sådanne filer i Windows 11/10. Så uden videre, lad os tjekke det ud!

Hvad er en Protein Data Bank (PDB) fil?

Protein Databank (PDB) er en database med 3D strukturelle data for proteiner, nukleinsyrer og andre store molekyler. Fil fra BNP Filtypenavnet er dybest set en fil, der indeholder data relateret til strukturen af ​​et 3D biologisk molekyle. Dataene omfatter atomare koordinater, atomstrukturer, atomforbindelse, proteinstruktur, nukleinsyrestruktur og mere. Den indeholder også eksperimentelle metadata.

Dette filformat er meget brugt i bioinformatik til at udveksle proteinkoordinater. Den indeholder tusindvis af linjer, der beskriver strukturen af ​​et protein. Nu, hvis du vil læse eller se PDB-filer på en Windows-pc, skal du bruge et dedikeret tredjepartsværktøj, da der ikke er nogen indbygget app til det. I dette indlæg vil vi diskutere forskellige måder at se PDB-fil i Windows 11/10.

Sådan får du vist Protein Data Bank (PDB) fil i Windows 11?

Der er to måder at se Protein Data Bank (PDB)-filen på i Windows 11/10, nemlig:

1. Brug gratis software til at se PDB-filer.
2. Prøv et gratis onlineværktøj til at læse PDB-filer.

1] Brug gratis software til at se PDB-filer.

Du kan bruge tredjeparts Windows-software, der giver dig mulighed for at åbne og se PDB filer. Der er flere gratis desktop-apps tilgængelige til Windows, som du kan prøve. Her er nogle gode du kan bruge:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Et molekyle
• RasMol

A] IKmol

IQmol er en gratis og open source molekylær editor og visualiseringssoftware til Windows 11/10. Ved at bruge det kan du se PDB såvel som forskellige andre 3D-molekylefiler som MOL, SMI, CUBE, XYZ osv. I denne software kan du finde alle vigtige molekylære visualiseringsværktøjer. Disse værktøjer spænder fra grundlæggende til avancerede. Ud over at se PDB-filen kan du også redigere molekylstrukturen.

Det giver dig mulighed for at åbne flere PDB-filer på samme tid og se dem alle på samme tid. I panelet Modelvisning kan du aktivere eller deaktivere gengivelsen af ​​en eller flere PDB-filer.

De vigtigste egenskaber ved IQmol:

Funktionerne i denne gratis og open source PDB-filfremviser, som du kan se nærmere på, er:

• Du kan finde alle standardværktøjer til filsøgning, inklusive zoom ind/zoom ud (med musehjul), panorer, roter, fuld skærm, nulstil visning, vis akser osv.
• Det giver dig mulighed for at tilpasse modellens udseende ved at redigere parametre såsom skygge, omgivende lys, diffusion, tågestyrke, højlys, støjintensitet, POV-Ray-parametre osv.
• Du kan også tilføje atommærker som atommasse, partiel ladning, NMR, spindensitet osv.
• Dette giver dig mulighed for at tilpasse kameraindstillingerne efter din smag. Du kan justere kameraprojektion, position osv.
• har en bekvem Automatisk rotation en funktion, der giver dig mulighed for automatisk at rotere den molekylære model.
• Du kan gemme den aktuelle proteinstrukturrepræsentation i et billedformat som PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS osv.
• Det giver dig også mulighed for at konvertere PDB til andre molekylefiler ved hjælp af 'Gem som'-funktionen. Understøttede outputformater: XYZ, MOL, MOL2, CML osv.
• Du kan også bruge det Beregning funktioner til at beregne molekylær strukturenergi, kræfter, PES-scanning, overgangstilstand, kemiske skift, geometri, dekomponeringsenergi, BSSE-korrektion, og så videre.

Udover visningsfunktioner får du en særlig Byg-menu med et sæt molekylære konstruktionsfunktioner. Disse funktioner inkluderer tilføjelse af nye atomer, indsættelse af nye molekyler, minimering af struktur, indstilling af isotoper og mere.

Dette er en rigtig god molekylær modelleringssoftware, hvormed du kan visualisere Protein Data Bank-filer på din pc. Hvis du kan lide det, download herfra .

Se: Chem4Word er et kemi-tilføjelsesprogram til Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer er en speciel gratis PDB-filfremviser til Windows 11/10. Det giver dig mulighed for at visualisere og analysere flere proteinstrukturer samtidigt. Du kan analysere proteinstrukturen, DNA-strukturen osv. indeholdt i PDB-filen. Udover PDB-filen giver den dig også mulighed for at åbne og se MOL- og MMCIF-filer.

Når du åbner en PDB-fil, vises en 3D-visning på grænsefladen sammen med et kontrolpanelvindue. Kontrolpanelet indeholder generel information, en liste og en filtitel. Du kan nemt flytte strukturen, rotere den, zoome ind/ud osv.

Det giver dig også mulighed for at vise eller skjule prikoverfladen, base, hydrogenbindinger, kraftvektorer og mere i henhold til dine præferencer. Du kan også fremhæve forskellige dele med forskellige farveskemaer for bedre at analysere strukturen. Derudover kan du bruge visningsfunktioner såsom Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels og mere.

Ud over visualiseringsværktøjer får du også en masse molekylære modelleringsfunktioner. Derudover byder den også på energiberegning, H-bindingsberegning, domæneanalyse, domænedetektion, 3D-motivoprettelse, bygning af krystallografisk symmetri og andre værktøjer.

Du kan downloade den fra Officiel side .

Læs: Den bedste gratis strømanalysesoftware til Windows 11/10.

C] QMol

Cumol er en anden gratis PDB-fremviser til Windows 11/10. Det er et makromolekylær strukturvisualiseringsværktøj, som du kan se PDB-filer med. Andre filer, du kan åbne og se i den, er DX, MAP, MTZ, CNS osv.

Det giver dig mulighed for at skifte mellem perspektiv og ortografisk visning, rotere modellen, zoome ind/ud osv. Du kan gengive modellen ved hjælp af POV-Ray og dens animationsgengivelsesmetoder. Den gengivne struktur kan gemmes i PNG-format. Et måleværktøj er også tilgængeligt, der giver dig mulighed for at måle afstand, vinkel og vrid i modellen.

Du kan også finde nogle ekstra værktøjer til yderligere at analysere proteinstruktur. Disse værktøjer omfatter Molekylær superposition, Mol overfladeskærer, Mol overfladegenerering, Mol bond editor, interaktionsanalyse, Mol morf animation, og så videre.

Det er en god software til at visualisere og analysere proteinstrukturen til stede i PDB-filer.

Se: .LIT option # Hvordan konverteres LIT til EPUB eller MOBI på Windows?

software til e-mail-sikkerhedskopiering

D] Molekyler

Den næste PDB-fremvisersoftware på denne liste er Molekel. Dette er en ret gammel, men kraftfuld molekylær visualiseringssoftware, der giver dig mulighed for at åbne og se PDB filer. Du kan finde mange molekylære visualiserings- og analyseværktøjer, der giver dig mulighed for at analysere proteinstrukturer.

Det giver dig mulighed for at tilpasse visningen af ​​molekyler, atomer, bindinger, rester osv. Du kan vælge forskellige displaytyper for hver af dem, såsom Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape osv. Derudover kan du justere egenskaberne for 3D-visningen, vise/skjule afgrænsningskasser, bruge shaders osv. Det giver dig mulighed for at se PDB-filen ved at ændre elektrontætheden af ​​overfladen på strukturen og tilføjelse af en overflade tilgængelig for opløsningsmiddel til strukturen.

du kan finde Animation en funktion i det at spille animationen af ​​molekylets struktur. Den har også en særlig 'Analyse'-menu med passende værktøjer. Ved hjælp af analyseværktøjer kan du bestemme gitterdata, rotationsdensitet, molekylært elektrostatisk potentiale, emissionsspektrum, afstand, vinkel og mere for en struktur.

Det giver dig også mulighed for at konvertere PDB-filer til forskellige filformater. Disse formater inkluderer PDF, PS, EPS og Image. Hvis du kan lide det, kan du få det Her .

Læs: Complete Anatomy App er en værdig download til Windows. .

E] Rasmol

Du kan også bruge RasMol til at se PDB-filer på Windows 11/10. Det er gratis og open source software, der giver dig mulighed for at visualisere og analysere molekylære strukturer. Det understøtter også åbning og visning af andre filer som MOL, XYZ, CIF, MOPAC osv.

Det giver dig mulighed for at se strukturen som en ramme, kædegarn, stænger, bånd, tråde osv. Du kan også fremhæve forskellige dele af strukturen med forskellige farver. Det giver dig også mulighed for at vise eller skjule brintatomer, heteroatomer, skygger, etiketter osv. i henhold til dine præferencer. Du kan også måle afstand, vridning, vinkel og andre værdier i en struktur.

Denne software er tilgængelig Her .

Se: Den bedste gratis 3D Human Anatomy Software til Windows.

2] Prøv et gratis onlineværktøj til at læse PDB-filer.

Du kan også bruge et gratis onlineværktøj til at åbne og se PDB-filer. Alt du skal gøre er at åbne hjemmesiden i en webbrowser og downloade PDB-filen for at se den. Her er nogle gode gratis online PDB-fremvisere, du kan prøve:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB FBF

windows kunne ikke starte diagnosticeringstjenesten

Du kan bruge dette gratis onlineværktøj kaldet RCSB PDB til at visualisere Protein Data Bank-filer. Det giver dig mulighed for at importere en PDB-fil og derefter visualisere og analysere dens molekylære struktur.

Du kan finde nogle grundlæggende visualiseringsfunktioner såsom zoom, rotation, avanceret portvisningsskift, kameranulstilling, valgtilstandsskift osv. Det giver dig også mulighed for at justere nogle indstillinger eller kontrolmuligheder såsom kameratilstand (perspektiv eller ortografisk), baggrundsfarve, på /af. deaktiver okklusion, aktiver/deaktiver tåge, klipning, placering osv.

Det følger med Animer fungere. Ved hjælp af dette kan du automatisk rotere proteinstrukturen. Hermed kan du justere rotationshastigheden og -vinklen. Du får også en dedikeret Måling værktøj i den. Ved hjælp af dette værktøj kan du finde ud af flere værdier såsom afstand, orientering, vinkel og mere.

Ud over disse funktioner er der adskillige andre praktiske værktøjer til rådighed: strukturmotivsøgning, tilføjelse af komponenter, animationseksport, geometrieksport (STL, OBJ osv.) og modeleksport.

Alt i alt er dette en rigtig god gratis online PDB-fremviser med et fantastisk sæt visualiseringsværktøjer. Du kan prøve Her .

B] Molsoft

Molsoft er et andet onlineværktøj, der kan bruges til at visualisere PDB-strukturer. Dette er en simpel PDB-filfremviser med grundlæggende funktioner. Åbn den først Internet side og klik på menuen med tre spor. Vælg derefter muligheden 'Åbn' for at importere en lokalt gemt PDB-fil eller uploade en fil fra dit Google Drev. Når du vælger en fil, vil den vise dig den molekylære struktur i fremviseren.

Du kan bruge forskellige visningstilstande til at visualisere strukturen. Disse visninger inkluderer wireframe, kreatinfosfokinase (CPK), kugle og stang, bånd og mere. Du kan nemt skifte mellem disse visningstilstande, så de passer til dine behov. Derudover giver det dig mulighed for at aktivere eller deaktivere atommærker, restmærker, hydrogenbindinger og steder for en bedre forståelse af strukturen.

Det giver også måleværktøjer. Du kan måle afstand, flad vinkel og snoningsvinkel i modellen. Derudover er en praktisk Color by funktion tilgængelig, som giver dig mulighed for at farve strukturen efter atomtype, kæde, alignment, sekundær struktur osv.

Dette er en anden god online PDB-filfremviser, som du kan prøve gratis.

Hvordan downloader man en PDB-fil fra Protein Data Bank?

For at downloade en PDB-fil fra Protein Data Bank, kan du besøge Protein Data Banks hjemmeside, indtaste og søge efter navnet på proteinet eller makromolekylet, såsom human hæmoglobin, kitinase osv. Vælg derefter filen fra søgeresultaterne og brug downloadmuligheden til at downloade PDB-filen. Så simpelt som det.

Hvordan får man vist FBF-strukturer?

Molekylære strukturer i FBF kan ses ved hjælp af et dedikeret onlineværktøj eller softwareapplikation. Du kan prøve gratis software som IQmol, Swiss-PdbViewer og CueMol til at visualisere og analysere PDB-strukturer på din pc. Hvis du foretrækker at bruge et onlineværktøj, er der mange muligheder. Prøv for eksempel webtjenester som RCSB PDB og Molsoft. Disse er gratis online PDB-filfremvisere, der giver avancerede molekylær visualisering og analyseværktøjer.

Sådan konverteres PDB-fil til PDF?

For at konvertere PDB-fil til PDF, kan du bruge denne gratis desktop-applikation kaldet Molekel. Det giver en speciel 'Gem til PDF'-indstilling, der giver dig mulighed for at konvertere PDB-filen til PDF-format. Du kan åbne PDB-filen og derefter klikke på 'Filer' > 'Gem til PDF' for at konvertere PDB til PDF. Vi har diskuteret denne software i detaljer i dette indlæg, tjek det ud ovenfor.

Det er alt.

Læs nu: Den bedste gratis molekylære modelleringssoftware til Windows.